Bei einem aktuellen Projekt habe ich im Projektspezifischen Modul ein paar Blöcke über hook_block() registriert. Anstatt dass diese Blöcke nun in der Auswahl erscheinen, waren alle Blöcke plötzlich verschwunden!

Nach ein bisschen Recherche war das Problem auch gefunden. Es lag daran, dass das verwendete Theme den selben Namen hatte wie das Modul (beide hatten den Projektnamen). Kurz war der Name des Moduls umgeschrieben und nach dem Löschen des Caches waren alle Blöcke wieder da.

Scheinbar ist das Problem bei Drupal 7 behoben, da andere Hooks verwendet werden.